Pokud se rozhodnete pro instalaci digestoře v odtahové verzi, je třeba vzít v úvahu, že i správně zvolené potrubí klade odsávanému vzduchu odpor, a tím snižuje jeho výkon. Ideální je použití hladkého potrubí a volba co nejkratší trasy odtahu. Použití flexopotrubí může vzhledem k jeho nerovnému povrchu způsobovat větší ztráty výkonu digesotře než potrubí s hladkými stěnami. Je rovněž vhodné použít co nejméně pravoúhlých kolen.

Pro představu uvádíme orientační zráty výkonu u digestoře osazeného stejnou ventilační jednotkou o výkonu 650 m3/hod. při použité hladkého potrubí o průměru 150 mm a 125 mm v různých délkách a s různým počtem kolen.